En 1898 nació el primer club de fútbol vasco, el Ath. Bilbao, gracias al impulso de varios jóvenes del gimnasio Zamacois. El 20 de enero de 1913 los Reyes Alfonso XIII, y Mª Cristina inauguran el nuevo campo de San Mamés. El primer gol en San Mamés lo marcó Rafael Moreno Aranzadi "Pichichi".
La llegada del prestigioso técnico Mr. Pentland, es fundamental para el equipo bilbaino. Los entrenamientos son en días fijos, y los jugadores del Athletic empiezan a cobrar dinero por jugar. El 1 de febrero de 1941 una orden gubernamental prohibía todo tipo de denominaciones en alguna lengua que no fuera el castellano, y el Athletic Club debe cambiar su nombre por el del Atlético de Bilbao.
La década de los cincuenta fue época de triunfos gracias a una delantera formada por Iriondo, Venancio, Zarra, Panizo y Gainza. En 1961 ficha a José Angel Iribar, verdadero mito del Athletic, club en el que permaneció hasta su retirada, y con el que consiguió dos títulos de Copa. Una fecha importante para el Athletic es el 28 de abril de 1962, fecha en la que se inaugura la iluminación artificial de San Mamés y fallece Mr. Pentlan.
La temporada 81/82 es clave en el devenir del Athletic. Beti Duñabeitia, decide dar el mando del primer equipo, a Javier Clemente, haste ese momento entrenador del equipo filial, y que había tenido que dejar la práctica del fútbol, debido a una grave lesión. Clemente le dio al Athletic dos Ligas y una Copa.
En el verano de 1992 llega Jupp Heynckes al Athletic, y cambia radicalemente la situación del Athletic. Decide la incorporación de nuevos jugadores del filial al primer equipo, como Valencia, Carlos García, y sobre todo Julen Guerrero. La llegada del entrenador alemán es un solplo de aire fresco en Lezama. Tras Heynckes llegaría José María Arrate como presidente que estaría hasta el 2001, donde fue relevado por Javier Uría.