La historia del actual Málaga Club de Fútbol, está plagada por multitud de fusiones entre clubes malacitanos, ascensos y descensos de categoría, cambios de denominaciones e incluso desapariciones. Los inicios se remontan casi un siglo atrás, concretamente hasta 1904, año en el que se crea el primer equipo representativo de la ciudad, el Málaga Football Clube, los integrantes de aquél equipo entrenaban en la plaza de toros de "La Malagueta", y jugaron su primer partido en la explanada del Hospital Noble un 3 de abril de ese mismo año.
En 1909, el equipo se federa, jugando el primer Campeonato de Andalucía. Años más tarde, en 1912, aparece un segundo equipo en Málaga, se trataba del Malagueño Fútbol Club, equipo que jugaba sus partidos en el Guadalmedina.
1927 es el año en el que el Málaga Football Clube, pasa a llamarse Real Málaga, debido a que el Príncipe de Asturias se convierte en presidente de honor.
Al año siguiente, en 1928 el Real Málaga se fusiona con el Sport Club, creando el Málaga Sport Club.
El 23 de marzo de 1933, ocurre una nueva fusión de clubes malagueños, esta vez entre Málaga Sport Club y el Malagueño Fútbol Club, de la unión de ambos surgió el Club Deportivo Malacitano.
El primer ascenso a Primera División se consiguió en Ferrol, en el año 1949.
En el año 1972, el Club Deportivo Málaga derrota 0 - 1 al FC Barcelona, y además termina la liga séptimo. Mejor clasificación en la historia del club. La liga había sido ampliada a 18 equipos. Ese mismo año hasta un total de 4 jugadores malaguistas, son convocados para jugar un partido con la Selección Nacional.
En 1990 comienza la debacle del fútbol malacitano, ese año el equipo desciende a Segunda tras una irregular temporada, y pésima promoción que perdió contra el Espanyol.
En 1991 el Club Deportivo Málaga, jugó la promoción de ascenso a Primera contra el Cádiz, pero la perdió en una fatídica tanda de penaltys. Fué el comienzo del fin...
La andadura del Club Deportivo Málaga por el fútbol español, duraría hasta el 27 de julio de 1992, fecha en la que por diversos factores como: una mala gestión económica por parte de los dirigentes del club (la deuda ascendía a 2.200 millones de pesetas) decidiera la desaparición del Club Deportivo Málaga, sin que nadie moviera un dedo.
en 1993. No obstante, al año siguiente el equipo, repleto de jóvenes malagueños, pecó de su inexperiencia y descendió nuevamente a Tercera División.
En 1994, y con el Atlético Malagueño en Tercera División, se acuerda un cambio de denominación, y el club pasa a llamarse Málaga Club de Fútbol.
El 2000, es el año del esperado retorno a Primera División, el Málaga Club de Fútbol terminó 12º, aunque pudo haber acabado más arriba. Ganó en el Camp Nou (1-2), Catanha estuvo a punto de ser "pichichi" marcando 24 goles y Málaga se convirtió en el único equipo andaluz presente en Primera, pues bajaron Betis y Sevilla.
