La historia futbolística comienza en el siglo XIX. Fue un inglés afincado en Huelva, quien convenció al director del banco de Londres, para que realizara grandes inversiones en la provincia onubense.
El Dr. McKay, se apoyo para la creación del HUELVA RECREATION CLUB, en la figura de D. Guillermo Shundeim, un distinguido ingeniero con proyectos muy ambiciosos para el desarrollo de la vieja ciudad. El fútbol es traído por los marineros ingleses, que disputaron los primeros partidos de ese "extraño deporte" allá por el año 1873.
El 23 de diciembre de 1889, tuvo lugar una reunión, que marcaría un hito en la historia del deporte español, y más concretamente en el marco del fútbol para formalizar el primer club de fútbol en España: el REAL CLUB RECREATIVO DE HUELVA, en aquellos tiempos el HUELVA RECREATION CLUB.
En 1903 cambia su nombre por el de CLUB RECREATIVO DE HUELVA. Es que con este nombre ya españolizado, con el que el Recreativo participó en sus primeros Campeonatos de España celebrados en Madrid en 1906 y 1907.
En 1909 recibe el título de REAL de manos de Alfonso XIII, al aceptar ser presidente de honor.
En ese mismo año de 1.909, la comisión organizadora invitó al equipo onubense a nombrar un delegado para que asistiera a las reuniones del comité, cuyas reuniones fueron muy laboriosas, pero que desembocaron en la fundación de la Federación, que años después recibiría el calificativo de real.
Fue campeón de Andalucía desde 1903 hasta 1914, último año en el que lo ganaría y que posteriormente recuperaría dos temporadas después. Además es el primer equipo extranjero que triunfa en Portugal, venciendo en 1920 al Sporting de Lisboa.
Ya desde 1918 había reiniciado sus participaciones en el Campeonato de España, enfrentándose a equipos de la talla del Real Madrid. Al mismo tiempo seguiría inscrito en la Federación Regional Andaluza, hasta que en la temporada 1939/40 se produce su primer ascenso a categoría nacional, concretamente al grupo VI de la Segunda División. El Recreativo perdería esa misma campaña la división alcanzada, no pudiendo recuperarla hasta la temporada 1956/57.
En 1978 juega su única temporada en la primera división. El ascenso se consiguió teniendo como entrenador a Eusebio Ríos y bajo la presidencia de D. José Martínez Oliva. La campaña siguiente vuelve de nuevo a la Segunda División, categoría que mantendría hasta la temporada 1989/90, donde descendería hasta la 2» B.
El Real Club Recreativo de Huelva consigue en 1998 el ansiado ascenso a Segunda División, categoría en la que está hasta la temporada 2002-2003.
Tras el ascenso a Segunda División en la temporada 1998-1999, el Recre tuvo el reto de mayor calibre económico de su historia. El 29 de julio de 1999, y como resultado de una operación urbanística que tenía como resultado vender los terrenos del Estadio Colombino en la Isla Chica para construir un nuevo estadio en el Recinto Colombino.
Entre las anécdotas que vinculan al Recreativo con otros clubs importantes destaca la de la Real Sociedad, que tomó los colores del Decano y al que le encargaba la compra de la indumentaria, pues era exactamente la misma.