Villarreal se quedó sin fútbol federado en 1942 tras la desaparición del Club de Fútbol Villarreal de Educación y Descanso, equipo que se creó después de la Guerra Civil en una iniciativa de las autoridades locales para que la juventud tuviera un lugar al que acudir. Este equipo se mantuvo en la competición durante 3 temporadas, militando en segunda regional.

El 27 de Junio de 1.944 volvieron a formarse equipos de peñas para jugar campeonatos locales. Estos equipos se componían de 10 ó 12 peñas, entre ellas la denominada Foghetecaz, que pasaría posteriormente a relanzar el proyecto futbolístico federado de Villarreal, ya que fueron ellos los que se federaron para representar a la población. Para ello se reunieron todas las peñas y eligieron a la que tenia las cualidades de un mejor equipo .Así, pasó a llamarse Club Atletico Foghetecz, y, aunque con problemas, siguieron adelante. La Federación les exigía, garantías económicas, terreno de juego con medidas reglamentarias, vestuarios donde ducharse y asearse, etc.

En 1.951, quinta temporada federados, ascienden primera regional tras proclamarse campeón de segunda regional. Fue entonces cuando se decidió cambiar el nombre del club llamándose C.A.F.VILLARREAL .(Club Atlético Foghetecaz de Villarreal).

Después de la brillante temporada de 1951, y estando en primera regional, se logra el ascenso a tercera división, ya que entonces no existía la Regional Preferente, siendo primero del grupo norte en 1955 y ganar la promoción de ascenso. Durante cuatro temporadas mantiene la categoría y desciende en la quinta, temporada 1.960/61. Se mantiene durante cinco temporadas en primera regional y en la sexta temporada asciende a tercera división, temporada 1966/67. En la tercera temporada en esta división, la 69/70, se proclama campeón del grupo quinto. Al no existir la actual segunda división B, el quipo juega una primera ronda de fase final para el ascenso a segunda división con la Unión Popular de Langreo ,perdiendo en la ida 1-0 y empatando en la vuelta en el Madrigal 1-1.

Quedaba la posibilidad de la promoción. Se enfrentó contra el Bilbao Athletic a doble partido con el mismo resultado en los dos partidos 2-1. El reglamento de la época exigía un partido de desempate en campo neutral, y fue en Madrid, en el Santiago Bernabeu. Luiche y Causanilles consiguieron los goles con los que el equipo ascendió a segunda división con el resultado de 2-1.

El equipo se mantuvo durante dos temporadas en la categoría de plata, descendiendo en la temporada 71/72. Antes, en la temporada 70/71, disputó una promoción de permanencia ante el Girona al que ganó por 4-1.

Tres temporadas más estuvo en tercera, hasta la temporada 75/76, cuando pierde la categoría en la promoción de permanencia ante el Guadalajara por 3-1. La regional preferente sólo fue un paso efímero, volvió a conseguir el ascenso y retornó a tercera división, en la que se mantuvo hasta la temporada 86/87 en la que ascendió a segunda B .

El ascenso se produjo a tres jornadas para el final de la liga regular tras jugar contra el Alaquas con el resultado de 1-1.

En esa temporada juega la Copa del Rey, eliminando al Valencia ,Gandia y Salamanca, perdiendo contra la Real Sociedad por 0-1 en partido único en El Madrigal.

En la temporada 92/93, ya a doble partido, eliminó al Endesa de Andorra (Teruel ), Español,con derrota a la ida 1-2 y victoria a la vuelta por 1-5, Compostela y Jaén, cayendo eliminado por el Valencia en quinta ronda. La primera campaña en segunda B con Luiche de entrenador, se roza el ascenso a segunda A.

En la 88/89, con Benito Floro en el banquillo, el equipo termina cuarto, no existiendo en aquel entonces, el sistema de promoción entre los cuatro primeros. En esa temporada se inaugura la actual tribuna, con un partido amistoso contra el Atlético de Madrid.

En la temporada 88/89 vuelve Pascual Font de Mora. El Villarreal desciende a tercera división, recuperando la categoría un año después, con López Sanjuán en el banquillo, tras clasificarse segundo del sub-grupo norte de tercera división e imponerse al Imperial de Murcia, Balaguer y Cala D’Or en la promoción de ascenso. De nuevo en segunda división B, era la temporada 91/92, López Sanjuán es cesado, siendo sustituido por Esteban Linares. El equipo se clasifica segundo y asciende a segunda división A. El ascenso se consigue en La Línea de la Concepción al ganar por 1-2 con goles de Alcañiz y Reyes .

Permaneció seis temporadas en segunda división A. En el transcurso de esas temporadas el club se convierte en sociedad anónima deportiva. En el año 1.997, D. Fernando Roig se convierte en el accionista mayoritario del Villarreal C.F., sustituyendo en esa cargo a D. Pascual Font de Mora. En la primera temporada al frente del equipo, y con José Antonio Irulegui como entrenador, el equipo consigue, contra todo pronóstico, el ascenso a Primera división. El equipo finalizó en cuarta posición en la Liga de segunda división y jugó la promoción de ascenso con el Compostela. Tras un resultado de 0-0 en El Madrigal, llegó el histórico gol de Alberto Saavedra en San Lázaro que valió el empate a uno final y el ascenso.

La primera temporada del Villarreal CF en primera división resultó contradictoria. Tras una magnífica primera vuelta, con José Antonio Irulegui al frente del equipo, el conjunto sufrió un espectacular bajón en su rendimiento que precipitó la sustitución de Irulegui por Paquito a falta de tres jornadas para el final de Liga. El Villarreal se vio abocado a jugar la promoción frente al Sevilla y la derrota en El Madrigal por 0-2 sentenció una eliminatoria que no se pudo remontar en el estadio sevillano.